化粪池清理的工作原理分为四步：粪便过滤沉淀-厌氧发酵-固体物分解-清粪液排放。  

一般来说，我们把一个大的化粪池分成三格或四格，三格叫三级化粪池，四格叫四级化粪池。  

粪便污水首先由厕所进水口管道排到一格，在一格里比重较大的固体物及寄生虫卵等物沉淀下来，开始初步的发酵分解，经一格处理过的粪便污水可分为三层：糊状粪皮、比较澄清的粪液水、和固体状的粪渣。  

粪便经过初步分解的粪液流入二格，而漂浮在上面的粪皮和沉积在下面的粪渣则留在一格继续发酵。在二格中，粪液继续发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液得到进一步勿害化处理，产生的粪皮和粪渣厚度比一格显著减少。  

流入三格的粪液一般已经腐熟，其中病菌和寄生虫卵已基本杀灭。三格功能主要起暂时储存已基本没害的粪液作用。清粪污水随着排污管道排出 。